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Outre les archives des autorités, il existe de nombreuses archives de fondations, d'associations, de clubs, d'entreprises, de sociétés, de familles et de particuliers. Toutes ces archives ou leurs fonds ne sont pas toujours accessibles au public.
Parmi les archives d'institutions et d'entreprises qui mettent également une partie de leurs fonds à disposition en ligne, on trouve entre autres :
- Les archives du Comité international de la Croix-Rouge (CICR) collectent et conservent les documents du CICR et les mettent à la disposition du public.
- Les archives de la SRG SSR conservent des émissions de radio et de télévision de toutes les régions de Suisse.
- Les archives photographiques de la Mission de Bâle possèdent une très grande collection de photographies datant de 1860 à 1950. Les images concernent principalement les domaines d'activité historiques de la Mission de Bâle en Afrique et en Asie.
- Les archives du groupe Georg Fischer AG contiennent d'importants fonds d'images, de rapports et de revues, qui sont également disponibles en ligne.
- Les archives de la haute école et la bibliothèque de l'ETH Zurich conservent les documents de l'administration, des fonds scientifiques privés et de la documentation sur l'histoire des sciences et des hautes écoles, ainsi qu'un vaste fonds iconographique.
- CFF Historic gère les archives des CFF et des chemins de fer qui les ont précédés et dispose de collections variées qui documentent l'histoire des chemins de fer en Suisse.
- Les Archives des PTT conservent des documents originaux datant de la création de la Poste fédérale en 1849 jusqu'à la privatisation des entreprises PTT et leur séparation en deux entreprises "La Poste Suisse" et "Swisscom SA" fin 1997.
- Outre une vaste collection sur la photographie en Suisse depuis 1840, la Fondation suisse pour la photographie gère également les archives et les fonds privés de nombreux photographes.