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Les archives spécialisées rassemblent et conservent des fonds et des sources de toutes sortes touchant à des domaines spécifiques. Elles sont souvent à la fois des lieux de conservation des archives et des centres de documentation historique.
Parmi les archives thématiques importantes en Suisse, nous pouvons citer :
- Les Archives Sociales Suisses (ASS) documentent la question sociale, les mouvements sociaux et les changements sociaux axés sur la Suisse.
- Les Archives contestataires conservent les fonds de nombreux mouvements sociaux de la deuxième moitié du 20e siècle, dont des groupements sur l'antimilitarisme, les droits des patients et l'anti-impérialisme, du mouvement antinucléaire et des organisations étudiantes.
- Les Archives pour l'histoire de l'agriculture (AfA) sont des archives virtuelles qui répertorient les sources concernant l'agriculture et l'alimentation, et les transmettent aux archives existantes car elles n’en conservent que peu elles-mêmes.
- Les Archives d'histoire contemporaine (AfZ) rassemblent des documents écrits, sonores et visuels de source privée sur l'histoire de la Suisse de la fin du 19e siècle à nos jours, en particulier sur trois thèmes principaux : la politique, l'économie et l'histoire des juifs en Suisse.
- La Gosteli-Stiftung gère des archives sur l'histoire du mouvement féministe suisse et sert de lieu de conservation des sources sur l'histoire des femmes.
- Les Archives économiques suisses (AES) documentent le développement économique et la politique économique de la Suisse et sauvegardent les archives de l'économie privée.
- Le Centre international de recherches sur l’anarchisme (CIRA) rassemble toutes sortes de documents sur le mouvement anarchiste, son histoire et ses idées.
- Les Archives de la vie ordinaire rassemblent des témoignages quotidiens de personnes privées originaires pour la plupart du Canton de de Neuchâtel.
- Le Collège du travail conserve et valorise des documents sur l'histoire du mouvement ouvrier et des classes populaires de Genève (archives, affiches, photographies, témoignages, etc.).